מטוסים חשאיים נועדו להתגבר על מכ"מים, חיישנים ומערכי הגנה אווירית — אך במקרה של המפציץ B-2, אחד האיומים המתמשכים ביותר התברר כסביבתי. כבר בשלבים מוקדמים של שירותו גילו מהנדסים ואנשי ניסוי כי גשם, לחות ואקלים קיצוני מציבים אתגרים משמעותיים לעיצוב החשאי של המטוס. חשיפה למים לא רק הגבירה את עומסי התחזוקה; היא פגעה ישירות בכשירות המבצעית, ובמקרה אחד אף תרמה לאובדן מטוס.
שורש הבעיה היה במעטפת סופגת־המכ"ם של המפציץ ובפריסת המערכות הפנימית. על פי דיווח של Interesting Engineering, דו"חות הראו כי לחות עלולה לפגוע בחומרי החשאיות ולהצטבר בתוך תאים, תעלות ושסתומים. כאשר מים נאגרו ולאחר מכן קפאו, תהליך ההפשרה והניקוז עשוי היה להימשך עד יום שלם. תנאים אלה שיבשו מערכות ופגעו בציפויים עצמם — אותם מרכיבים שאפשרו למטוס להישאר קשה לגילוי. חולשות אלו התבררו ככאלה שקשה לבטל לחלוטין, גם עם חומרים משופרים ושיטות תיקון מתקדמות יותר.
כדי להתמודד עם הבעיה, חיל האוויר האמריקאי שינה את אופן ההפעלה והתמיכה של ה-B-2. בתחילה דובר על פריסה רחבה ללא תשתיות ייעודיות, אך גישה זו התגלתה כבלתי מעשית. במקום זאת, המפציץ החל להסתמך על מחסות מבוקרי־אקלים, שבהם יכלו טכנאים לבדוק ולתקן את ציפויי החשאיות לאחר טיסות. נהלי התחזוקה התרכזו יותר ויותר בהגנה על המטוס מפני לחות — לפני הפעילות, במהלכה ואחריה.
בהקשרי ביטחון, חשאיות אינה רק עניין של תכנון, אלא גם של תחזוקה מתמשכת. מטוס שהוא "בלתי נראה" מבחינה תאורטית אך אינו זמין לעיתים קרובות פוגע בגמישות המבצעית. נתוני ניסוי הדגישו זאת: כאשר נכללו בעיות החשאיות בחישוב, שיעור הכשירות למשימה של ה-B-2 ירד בחדות לעומת תקופות שבהן מצב החשאיות לא נלקח בחשבון. תחזוקה הקשורה לחומרי החשאיות לבדה היוותה חלק ניכר משעות העבודה לכל שעת טיסה.
לתנאי מזג האוויר הייתה גם השפעה בטיחותית. חקירת חיל האוויר האמריקאי את התרסקות ה-B-2 בגואם בשנת 2008 זיהתה לחות במערכות נתוני האוויר במהלך כיול כגורם מרכזי, שהוביל לקריאות שגויות זמן קצר לאחר ההמראה.
עם הזמן בוצעו שיפורים. שיטות יישום אחידות יותר לציפויים ולשכבות החיצוניות הפחיתו שונות ונזקים. הלקחים הללו השפיעו על תוכניות מאוחרות יותר, כאשר מפציצים חדשים תוכננו כך שציפויי החשאיות ייושמו כשלב ייצור סופי, מבוקר בקפידה.
ניסיונו של ה-B-2 ממחיש מציאות רחבה יותר של מערכות צבאיות מתקדמות: ביצועים פורצי דרך מביאים עמם לעיתים אתגרי תחזוקה בלתי צפויים. במקרה זה, ניהול גשם ולחות התברר כקריטי לא פחות מהתמודדות עם מכ"ם — והשפיע על האופן שבו מטוסי חשאיות נבנים, מאוחסנים ומופעלים.
